• El metabolisme aeròbic requereix oxigen, mentre que el metabolisme anaeròbic no ho fa.
• El metabolisme anaeròbic no pot continuar indefinidament. En contrast, el metabolisme aeròbic pot continuar per sempre, sota condicions teòriques.
• Els carbohidrats, els greixos i les proteïnes s'utilitzen com a fonts del metabolisme aeròbic, mentre que només el carbohidrat està involucrat en el metabolisme anaeròbic.
• El metabolisme aeròbic involucra activitats d'intensitat baixa a moderada, mentre que el metabolisme anaeròbic involucra només activitats d'intensitat alta.
• El metabolisme anaeròbic té lloc en el citoplasma de les cèl·lules, mentre que el metabolisme aeròbic ocorre en els mitocondris.
• El metabolisme aeròbic produeix més energia que el metabolisme anaeròbic si la mateixa quantitat del mateix substrat.
• La glucòlisi és una via metabòlica anaeròbica, mentre que el cicle de l'àcid cítric i la cadena de transport d'electrons són vies metabòliques aeròbiques.
• Els metabolismes aeròbics contribueixen més (al voltant del 90%) per al subministrament d'energia, mentre que el metabolisme anaeròbic contribueix menys.
• El producte final del metabolisme anaeròbic és l'àcid làctic, mentre que els del metabolisme aeròbic és el diòxid de carboni i l'aigua .