Hola Montserrat,
És normal això que et passa. Estàs canviant el que HTML li diu docbase. És un paràmetre que es fa servir per calcular les adreces dels enllaços relatius. Com que ha canviat, si t'hi fixes, intenta buscar la url d'edició a http://proyectodescartes.org/EDAD/materiales_didacticos/EDAD_4eso_B_funciones1-JS/.
El tros de codi que treus és una manera d'arreglar el problema que genera el mateix applet. Però que per algun motiu no funciona, i és normal. Ja que la web només pot tenir un docbase. Quan poses el codi, canvia el docbase al original (URL de Moodle) i llavors l'escena que inclous no troba els recursos que has afegit, en canvi quan el treus, és l'usuari que no troba els recursos d'aquests enllaços d'edició.
En resum, el que proves de fer potser funciona en algunes versions de Moodle o del Navegador, però no és una bona pràctica. La única solució que li trobo és cercar una alternativa com la d'afegir-ho en un iframe o similar.
Espero haver aclarit els dubtes. Salutacions,
Pau