Hola Lluís,
el problema no està al Moodle sinó que està en el Java i el certificat de GeoGebra. Possiblement si el fitxer no estigués dins d'un Moodle funcionaria correctament.
Si vols, pots fer una ullada als fòrums de la comunitat GeoGebra a veure si trobes alguna informació que et sigui d'utilitat: http://www.geogebra.org/forum/
Fins ara,
Mònica