Hola Ramon,
El comportament és diferent en el Moodle 1.9 (antic) i en el Moodle 2. En el cas del Moodle 1.9, els usuaris només poden entrar per una via (o a través de la Intraweb o a través del Moodle), en canvi en el Moodle 2 es pot entrar per les dues vies simultàniament.
Això sí, en ambdós casos, si canvies la manera predefinida d'entrar al Moodle, és imprescindible que tinguis activat el connector d'autentificació del Moodle anomenat Base de dades externa. En cas contrari, et passarà el que t'ha passat abans: que els usuaris als que s'ha canviat la manera d'entrar queden totalment inhabilitats per entrar al Moodle per qualsevol via.
Salutacions,
Toni Ginard
Equip Àgora