L’esclat de la guerra popular contra la invasió napoleònica va sacsejar la consciència de Goya, que durant el conflicte realitza una sèrie de dibuixos preparatoris per a una nova col·lecció de gravats: Los desastres de la guerra, amb visions d’una crueltat impressionant. Els horrors viscuts en la guerra l’havien transformat profundament i la seva obra derivaria cap a una expressió pessimista i crítica. I aquesta transformació es pot observar nítidament en la sèrie d'aiguaforts, realitzats entre 1810 i 1820, que integren la sèrie: els abusos i les crueltats comeses pels soldats napoleònics en la lluita amb el poble espanyol, juntament amb la fam i la misèria derivada de la guerra marquen la col·lecció.
Desastres de la Guerra 44: Yo lo vi.
Desastres de la Guerra 15: Y no hay remedio.
Desastres de la Guerra 26: No se puede mirar.
Però la gran contribució de Goya a la memòria de la Guerra de la Independència es troba en els dos grans llenços que pintaria el 1814 per encàrrec de la Regència: El dos de mayo de 1808 en Madrid (també conegut com La càrrega dels mamelucs) i El tres de mayo de 1808 en Madrid (també anomenat com Els afusellaments de la Moncloao Els afusellaments del tres de maig). El tractament de la guerra és absolutament innovador: en aquests quadres no es representa la noblesa lluitant per la defensa de la nació, sinó que és el poble qui encarna el protagonisme de la lluita. A més, Goya no busca la glorificació dels fets, sinó que ens presenta la irracionalitat i l’extrema crueltat del conflicte bèl·lic.
La càrrega dels mamelucs representa l’enfrontament entre el poble de Madrid i l’exèrcit francès el 2 de maig de 1808 que marca el començament de la Guerra de la Independència. El tema és la resistència popular davant de la invasió: el poble insurgent ataca els mamelucs, els mercenaris egipcis que combatien al costat de l’exèrcit francès. És un tema plenament contemporani. La nació insurrecta, en el sentit que es concebia per part dels revolucionaris francesos, lluita i resisteix contra un enemic implacable i manifestament superior que aixafa la revolta de forma sagnant. El poble es representa sense retòrica, sense necessitat de posats heroics per a la història. Goya pren partit per la nació a través de la representació realista dels rostres deformats davant la mort.
D’altra banda, Els afusellaments del tres de maig és un quadre cabdal de la pintura moderna. És una instantània de la matinada del 3 de maig de 1808, quan els soldats francesos van executar els presoners fets en la revolta popular del 2 de maig com a represàlia. El simbolisme és impressionant. La llum és la clau de la composició. A través del fanal es delimiten dues zones d’interès per a l’espectador, la zona il·luminada on els condemnats esperen el destí ineludible de la mort i la zona enfosquida on s’alineen els soldats sense rostre dels soldats que esperen l’ordre de disparar. Tot un artifici dramàtic que ens trasllada a la crueltat extrema de la guerra, tot convertint en herois els revoltats anònims, el poble insurrecte contra l’invasor.