"Boira Negra", és una sèrie documental que tracta la influència que va tenir a Catalunya el règim nacionalsocialista alemany i la seva política antisemita. Els anys 40, el franquisme té una relació estreta amb el règim nazi i l'horror de la Segona Guerra Mundial tindrà una rèplica en territori català i espanyol.
El juny de 1940, les tropes alemanyes entren a París. França es parteix en dues zones dividides per la línia de demarcació. Al nord, la França ocupada; al sud, la França lliure sota el règim col·laboracionista de Vichy. Milers de refugiats jueus, que fugen dels països centreeuropeus ocupats pels nazis, miren d'anar cap al sud.
Nina Mitrani, jueva d'origen polonès que actualment viu a Barcelona, en aquella època vivia a París. Va fugir cap al sud i va aconseguir travessar la línia de demarcació després de superar molts perills. Ja prop dels Pirineus, decideix passar la frontera entre Espanya i França amb l'ajut d'un guia. Un cop en territori català es queda sola a la muntanya i vaga tres dies i tres nits perduda enmig del bosc. Finalment, arribarà a una zona habitada: el poble de Rabós d'Empordà.
La família Papo també es veu obligada a marxar de França. El cònsol espanyol a París, el senyor Rolland, els aconsegueix papers per viatjar en tren. Travessen la frontera per Hendaia.
Per Hendaia és per on entra la comitiva de Heinrich Himmler a Espanya, l'any 1940. El líder de la temible SS visita diferents localitats i fa parada a Barcelona i el monestir de Montserrat. Els pares Alexandre Olivar i Gregori Estrada recorden la visita, que van viure quan eren molt joves. La historiadora Katrin Himmler, familiar del jerarca nazi, ens parla d'aquest polític alemany.
Werner Barasch, jueu alemany, marxa d'Alemanya amb l'auge del nazisme els anys 30. Comença un llarg periple que el porta a Itàlia, Suïssa i, finalment, a França, on el tanquen en diversos camps de presoners. Quan el traslladen a Argelers, aprofita per escapar-se i passa la frontera pels Pirineus. A Catalunya el detindran i acabarà pres a Figueres. Aquí començarà una època de trasllats per diferents presons del país.
La Joint, organització d'ajuda als refugiats jueus nascuda durant la Primera Guerra Mundial, envia els jueus portuguesos Joel i Samuel Sequerra a Barcelona per tenir cura dels jueus que es troben a Espanya en la seva fugida cap al sud. Les activitats clandestines d'aquests germans bessons són plenes de perills.