Les conquestes del segle XII van deixar dins la societat cristiana importants bosses de població musulmana i hebrea. "Memòria de Catalunya" parla de la convivència dels cristians amb aquestes dues comunitats.
A la Catalunya medieval van conviure ètnies i religions diferents de la cristiana, més nombrosa i dominant. Dels diversos grups minoritaris, el més important era el dels jueus, per la rellevància numèrica i pel prestigi social i econòmic.
Els jueus ja eren presents en temps visigòtics a ciutats com Tarragona. En l'època carolíngia van tenir una importància notable a Girona i Barcelona. Els comtes barcelonis els van confiar l'encunyació de moneda, però els van reconèixer una situació jurídica inferior.
A més de Barcelona i Girona, la seva presència encara és evident als carrers de ciutats com Lleida, Besalú, Balaguer, Cervera, Santa Coloma de Queralt, Montblanc, Tortosa, Valls o Lleida.
Els jueus s'agrupaven en aljames, el nucli organitzatiu de la ciutat format pels caps, els jutges, els rabins, les sinagogues i els cementiris. Vivien als calls, uns barris especials closos. Els calls van ser assaltats en moltes ocasions, enmig d'un clima d'intolerància.
A partir del segle XIV, els jueus van patir una forta pressió social que es va traduir en emigracions i conversions al cristianisme. Les persecucions van culminar amb la seva expulsió, l'any 1492, del territori de la monarquia dels Reis Catòlics.
La minoria musulmana també va tenir presència en terres catalanes. Els musulmans hi van arribar entre els anys 712 i 720 i es van establir tant al camp com a les ciutats. La toponímia encara en recorda la presència: Aitona, Almatret, Almenar, Massalcoreig, Algerri...
El domini islàmic va aportar importants innovacions en el món rural, amb noves tècniques de reg i nous cultius. La seva presència en l'àmbit urbà va reforçar la vida decadent de les ciutats.
Les conquestes de Tortosa i Lleida per part de Ramon Berenguer IV van posar fi a la presència del poder polític i militar islàmic. Tot i això, molts musulmans van continuar vivint a Catalunya, els anomenats mudèjars. Habitaven una zona especial, la moreria, a ciutats com Lleida o Tortosa. Es dedicaven bàsicament al camp, però també a oficis com el de menescal, calderer, terrisser, picapedrer, fuster...
La seva tècnica artísitica, amb el predomini de les formes geomètriques, és visible en edificis de Lleida, Agramunt, Cubells o Verdú.
La població morisca va deixar Catalunya l'any 1609 amb l'edicte d'expulsió de Felip III.